De werking van aquatraining kan uitgesplitst worden in 5 effecten.

1. Het Ontspannings effect.

Door de beweging in water ontstaat er een hoge mate van ontspanning in de bepaalde spiergroepen. Voornamelijk de rugspieren worden duidelijk verlengd door een naar achteren kantelen van het bekken. Door deze verlenging ontstaat een ontspanning waardoor het paard meer de mogelijkheid krijgt om te bewegen vanuit de aanspanning van de buikmusculatuur. Vanuit deze verandering van houding gaat het paard steeds effectiever en elastischer bewegen. Dit heeft weer invloed op de belasting van gewrichten en pezen.

2. Het Koelings effect.

In de aquatrainer wordt gebruik gemaakt van koud water. Naast een koelend effect op pezen en gewrichten heeft het ook een positief effect op de doorbloeding van spierweefsel waardoor de stofwisseling geactiveerd kan worden.

3. Het Massage effect.

Door de beweging in en van het water en de druk die het water op de benen geeft creëer je een soortement massage effect waardoor er vermindering van oedeem en zelfs vermindering van overvulling van gewrichten of peesschedes kan worden waargenomen.

4. Het Ontlastings effect.

Al bij een geringe waterhoogte ontstaat er een opwaartse druk die de belasting op gewrichten en pezen vermindert. Het geblesseerde been wordt daarmee in beweging ontlast en kan zich beter regenereren. Bij hoge waterstand kan er een ontlasting van ongeveer 80% van het lichaamsgewicht worden bereikt.

5. Het Belastings effect.

Door aquatraining worden bepaalde spiergroepen (afhankelijk van aangeboden training) meer geactiveerd en opgebouwd. Getrainde, sterke spieren kunnen wederom geblesseerde gewrichten en pezen ontlasten. De belasting ontstaat doordat er een horizontale kracht geleverd moet worden om het been door het water naar voren te bewegen. Dit varieert in manieren van bewegen bij de verschillende waterhoogtes. Bij laag water hebben de paarden de neiging om over het water heen te stappen waarbij de geleverde kracht voornamelijk wordt aangewend om het been (hoger dan normaal) uit het water te trekken en met meer knieactie naar voren te bewegen. Bij een hogere waterstand zal het paard het been door het water naar voren moeten bewegen. Hoe hoger de bandsnelheid hoe meer de spieren belast worden. Deze manier van trainen is voor gezonde, sportpaarden een zeer effectieve manier om spieren op te bouwen maar vooral ook om lengte in de bovenlijnspieren en goede actieve kanteling van het bekken te creëren.